Çerkez Ethem isyanı, Milli Mücadele içinde yer alan diğer isyanlardan daha farklı sebeplere sahiptir. Bu ayaklanmanın etnik bir sebebi olmadığı gibi, bölgesel bir nedene de dayanmamaktadır. Vatan savunmasında kendi birliğiyle görev yapan Çerkez Ethem'in, Türkiye Büyük Millet Meclisi'nin kurulmasından sonra düzenli ordunun içinde yer almak istememesi yüzünden başlattığı isyandır. Bunun farklı sebepleri bulunmaktadır. Bu isyan 1. İnönü Savaşı'nda bastırılmıştır. Kendi birliği olan Kuva-yi Seyyare ile başarılı hizmetleri olan Çerkez Ethem, bundan sonra Yunan ordusuna teslim olduğundan, Türkiye Büyük Millet Meclisi tarafından vatan haini ilan edilmiştir.

Ankara valisini yetkisi dışında yargılama girişimi: Yozgat ayaklanmasını bastıran Çerkez Ethem, Ankara valisi Yahya Galip Bey'i yargılamak için 26 Haziran 1920 tarihinde Yozgat'a çağırmıştır. Türkiye Büyük Millet Meclisi başkanı olan Mustafa Kemal Atatürk, Çerkez Ethem'in bu emrini reddetmiştir.

İstiklal mahkemeleri hakkında verilen karara karşı çıkma: TBMM tarafından 18 Eylül 1920 tarihinde kaçak askerlerin ve casusların yargılamasında İstiklal Mahkemelerini kurmuş olması, Çerkez Ethem ve kardeşleri tarafından kabul görmemiştir. Askerlerin ve casusların eskiden olduğu gibi, birliklerin önünde infaz edilmesine devam edeceklerini bildirerek, mahkemeyi tanımadıklarını bildirmişlerdir.

Asker toplama konusunda İçişleri Bakanlığına engel olma: Çerkez Ethem Yozgat ayaklanmasının bastırılmasından sonra, 1920 yılında Yozgat civarlarından asker toplamaya başlamış. Normalde asker toplama yetkisinin TBMM tarafından İçişleri Bakanlığına verilmesi yüzünden, İçişleri Bakanı Albay Refet Bele buna karşı çıkmıştır. Çerkez Ethem bunun karşılığında İçişleri Bakanına hakaret eden bir telgraf göndermiş ve Batı Cephesindeki asker toplama faaliyetini devam ettirmiştir. Eskişehir Karacaşehir'de kurulan müfrezeyi Kütahya'ya alarak, Cephe Komutanlığının denetiminde bırakmamıştır.

Batı Cephesinin iki kısma ayrılmasına karşı çıkılması: TBMM 9 Kasım 1920 tarihinde Batı Cephesi Komutanlığını iki bölüme ayırmış, ancak Çerkez Ethem ve kardeşleri bu karara karşı çıkmıştır. Buna sebep Çerkez Ethem'in Güney cephesi komutanı Albay Refet Bey'e güvenmemesi, batı cephesinin eskiden olduğu gibi Albay İsmet Bey'in komutasında kalmasını istemesidir. Çerkez Ethem bu isteklerinde ısrarcı bir tutum sergilemiştir.

Düzenli ordunun kurulmasına direnç gösterilmesi: TBMM hükümetinin düzenli ordu kurma ve Milli Kuvvetlerin buna katılması kararına karşı çıkan Çerkez Ethem ve taraftarları, buna karşı olduğunu belirten davranışlar sergilemeleri ayaklanmanın başlamasında etkili olmuştur.

TBMM hükümetine başkomutanlık yetkisinin verilmesine karşı çıkma: Düzenli ordunun kurulma kararı başkomutanlık yetkisinin yani ordunun sevk ve idaresinin TBMM hükümetine vermekteydi. Bu karara da karşı çıkılmıştır.

Çerkez Ethem'in kuvvetlerine 1. Kuva-yi Seyyare adının verilmesine karşı çıkma: Düzenli ordu kurulması çalışmalarında, kuvvetlerin birbirinden ayırt edilebilmesi için, 1. Kuva-yi Seyyare adı verilmesi karara bağlanmıştır. Bu karara karşı çıkan Çerkez Ethem kuvvetlerine Umumi Kuva-yi Seyyare adını vermiştir. Kendisini de komutan olarak ilan etmiştir. Bu bağımsız komutanlık isteğinden kaynaklanmaktadır.

Yüzbaşı Tevfik Bey'le Cephe Komutanlığı arasında olan çekişmeler: Batı Cephesi Komutanlığı halkın güvenliği için sahra jandarma bölüğü kurulmasına karar vermiştir. Yüzbaşı Tevfik Bey bunun kendisini denetlemek için kurulduğunu düşünmüştür. Bu nedenle Atatürk'e telgraf çekerek Batı Cephesini tanımadığını bildirmiştir.

Çerkez Ethem kendisinin hâkim olduğu alanda TBMM hükümetini tanımamış, kendi düşünceleriyle hareket etmiştir. Bu durum 1920 yılının sonlarında isyan durumunu almıştır. Bu aşamada Yörük Ali Efe, Sarı Efe ve Demirci Mehmet Efe'yi yanına çekmeye çalışmıştır. 2 Ocak 1921 tarihinde TBMM hükümetine çektiği telgrafta, Mustafa Kemal Atatürk'ün Bilecik'ten Ankara'ya dönerken götürmüş olduğu İstanbul Hükümeti temsilcilerinin serbest bırakılmasını istemiştir. Bu telgrafta TBMM ordusunun kendisine taarruz halinde olduğunu, kendisinin de buna karşı koyacağını bildirmiş ve bunu Yunan hükümetine de bildirdiğini belirtmiştir.

Meclisin Kuva-yi Seyyareye karşı çıkması nedeniyle, Ethem Bey'in vatana ihanet suçu işlediğine karar verilmiştir. Düzenli ordu 1921 yılında Çerkez Ethem'in kuvvetlerinin üzerine yürümüştür. Bunun üzerine Çerkez Ethem Yunanlılara sığınmış, silah ve cephaneleri TBMM kuvvetlerine bırakmıştır.

* Çerkes Ethem hakkında vatan hani kararı alındığına dair yapılan araştırmaya göre böyle bir karara rastlanmadığı bildirilmiştir.